内斜视的发病与屈光不正和调节关系密切。可能的发病机制包括：
调节因素：眼的调节作用与眼的集合作用是互相联系的，一定的调节带来相应的集合。过多的调节负荷可导致过度的集合，可能超过眼球控制正位的能力，从而表现为内斜视，如中度远视患儿常常由于需要动用过多的调节，而导致集合过度而产生内斜视。部分患者也可由于一个单位的调节会产生过多集合，这种情况下就算是调节负荷正常，也会由于正常的调节负荷产生过度集合而导致内斜视发生。
解剖因素：某一眼外肌发育过度或发育不全、眼外肌附着点异常，眼眶的发育、眶内筋膜结构的异常等，均可导致肌力不平衡而产生斜视。
遗传因素：临床上常见在同一家族中有许多人患有共同性内斜视，部分内斜视可能与遗传因素有关。
视功能发育异常因素：双眼维持正位是依靠融合功能来完成。如果在幼儿时期出现一眼视力很差时，也会导致内斜视的发生。
