细菌进入机体后，可快速繁殖，同时产生多糖荚膜，此荚膜可抵抗非致敏核细胞的吞噬和杀菌作用，致病因素还包括内毒素和其他抗原，进入机体后，细菌首先在局部淋巴结内或跳蚤叮咬的皮肤局部繁殖，引起出血坏死性淋巴结炎，继而引起败血症，继发性肺炎是由于败血症细菌累及肺部所致，故发生于血供良好的肺基底部，细菌经呼吸道吸入，可引起原发性肺炎。
鼠疫耶尔森菌属肠杆菌科耶尔森菌属，双极着色，革兰阴性小杆菌，无鞭毛，无芽孢，有荚膜，兼性需氧，在血液琼脂或Maclonkey培养基中生长良好，产生典型的粗糙型菌落，此菌有多种抗原，与致病性与免疫原性有关的有F，T，V 3种，我国鼠疫耶尔森菌可分为5群(A-E)17个生态型，此菌抵抗力较弱，特别是对热和干燥敏感，日晒，煮烤和常用消毒剂均可被杀灭，耐低温，在脓液中可存活10～20天，蚤体内1个月，尸体中可存活数周至数月。
