对于临床常见致病分枝杆菌，已有现成可以获得的DNA探针，包括结核分枝杆菌复合群、鸟、胞内、堪萨斯、戈登等分枝杆菌。探针经吖啶酯标记，结果经荧光光度计测定，实验周期仅2 h，方法简便易行。缺陷已如前述：不是所有分枝杆菌都有已知的特异探针，结核杆菌复合群的探针不能区分人型，牛型及BCG等。
