除典型的临床表现，黏液囊肿的诊断主要依靠影像学检查和穿刺抽出黏液，同时结合影像学尤其是CT扫描检查的表现更可确定诊断。
主要和鼻窦恶性肿瘤鉴别，后者病变呈实体性，进展较快，超声显示病变呈实性不均匀回声，衰减明显，CT和MRI显示病变有明显骨破坏。
