真菌性关节炎的诊断依赖于在滑膜和关节液中找到致病真菌，滑膜组织培养比关节液培养阳性率高，涂片和培养要避免污染，以免干扰判断。
1.念珠菌病X线摄片检查可见2/3患者邻近关节处有骨髓炎，滑膜液病原菌培养阳性可以确立诊断。
2.孢子丝菌病关节液或滑膜组织中培养出真菌即可确定诊断，组织学检查可见肉芽肿性滑膜炎，但很少直接见到雪茄形菌体。
3.芽生菌关节炎在临床上与结核性关节炎难以区别，需依靠病原菌的分离，才能确定诊断。
要注意与结核性关节炎区别，需依靠病原菌的分离，组织学检查，才能确定诊断。
