位于阴道前外侧壁的小囊肿，诊断无困难。
大而突于阴道口或阴唇间者，虽形同膀胱膨出，但排尿后不见其缩小，或用金属导尿管插入后，同时用手指挤捏囊肿基底部，感觉导尿管与囊肿有一定距离，不难鉴别。
位于阴道后穹隆的囊肿应和子宫直肠窝疝鉴别，后者每在咳嗽时增大，或用手指上推时缩小，甚至消失;并在三合诊时嘱患者运用腹压，可有阴道直肠隔膨隆，鼓出的感觉，这是肠曲因腹压进入阴道直肠窝的疝囊所致，而阴道囊肿则无上述变化。
位于前阴道壁下1/2部的囊肿须和尿道憩室及尿道腺脓肿鉴别。后两者虽亦形成阴道膨隆，但均和尿道相通，当用手向前压迫时，可见有尿液或脓液自尿道流出。
位于阴道后壁近处女膜处的小囊肿多为包涵囊肿。此外还须与双子宫，双阴道畸形，及一侧阴道闭锁，经血潴留者鉴别。这种情况极罕见。患者虽有月经，但痛经逐渐加重，且所形成的阴道一侧囊肿张力较大，色紫。必要时可行局部穿刺鉴别。
