1.一般血液检查：主要是筛查可引起心肌肥厚的代谢性疾病，如检查空腹血糖，血中肉碱，乳酸盐，丙酮酸，氨基酸浓度等;检查尿中氨基酸，有机酸等成分及其含量。
2.心内膜心肌活检：考虑手术治疗时应做心导管检查和心血管造影，测定血流动力学参数，压力阶差，心室肥厚部位及程度，心腔变形，流出道狭窄及瓣膜反流等情况，少数婴儿HCM需做心肌活检，以除外Pompe病(Ⅱ型糖原贮积病)，但后者骨骼肌活检可确定，而且安全，肥厚心肌纤维排列紊乱，心肌细胞异常巨大，核周常有“光环”围绕，线粒体增生变性，组织化学测定有严重糖原堆积，免疫化学测定显示肥厚心肌内儿茶酚胺含量增高，具有诊断意义， 3.遗传学检查 进行家族史调查，并明确基因突变，并协助判断预后及指导治疗。
3.心电图检查：可显示左室肥厚，ST段下降，T波倒置，左房肥大，异常Q波，QT间期延长，少数出现预激综合征或其他室内传导阻滞图形，婴儿患者常有右室肥厚，可能反映右室流出道梗阻，动态心电图监测可见室性期前收缩，室性及室上性心动过速，窦性心动过缓及房室传导阻滞，少数患儿心电图正常，但大多数患儿心电图明显异常：
(1)左心室肥大。
(2)异常Q波(30%～50%)：深，窄而持久不变，多见于Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ，aVF，aVL或V4，V5导联，病理性Q波的形成，一方面与肥厚室间隔除极的初始向量向前上方运行有关，造成Ⅱ，Ⅲ，avF为异常Q波，右胸导联为高窄R波;另一方面与心肌纤维化，变性及排列紊乱致电动力下降或消失有关，使室间隔向右前除极向量加入，造成左胸导联出现异常Q波。
(3)ST-T改变：可见以V3，V4为中心的巨大T波倒置，IHSS患儿胸导联多数无深的倒置T波，甚至浅的倒置T波也很少见。
(4)心律失常：常见的有预激综合征，完全性房室传导阻滞，束支传导阻滞和快速室性心律失常等，亦可见窦房结病变，室上性心动过速等，由糖原贮积病(Pompe病)造成的HCM，其心电图有典型的三联征：短P-R间期，QRS波群异常高大和广泛的T波倒置，心率变异性(HRV)检查无助于对HCM高危猝死患者的检测;而QTc离散度测定显示HCM患者QTc离散度明显增高，且梗阻型QTc离散度显著高于非梗阻型，QTc离散度与室间隔肥厚程度显著正相关，QTc离散度是HCM伴室性心律失常及猝死的预报因子。
4.超声心动图：超声心动图检查对诊断HCM较有意义，是HCM的确诊手段，正常婴幼儿室间隔厚度≤4mm，学龄前儿童≤5mm，年长儿≤7mm，左室后壁与室间隔厚度相等，多普勒超声心动图检查可监测到下列改变：
(1)室间隔：室间隔非对称性肥厚，活动度差，心腔变小，左室收缩期内径缩小，室间隔与左室后壁厚度之比(IVS/LVPW)为1.3～1.5，心室壁增厚可侵犯不同部位：前间隔占10%～15%，前间隔和后间隔占20%～35%，单纯室间隔后部，心尖部或前侧壁约占20%，前侧壁及室间隔占50%。
(2)左室流出道梗阻及压力阶差：左室流出道狭窄，主动脉和左心室流出道压力阶差可达9.3kPa(70mmHg)以上。
(3)SAM现象：二尖瓣前叶收缩期前向移动(systolic anterior motion of the anterior mitral leaflet，SAM)现象，与肥厚的室间隔相接触，SAM现象始于收缩期前1/3末，在收缩期中1/3时与室间隔接触，形成左室流出道狭窄，舒张期二尖瓣前叶与室间隔距离较正常者小，SAM现象可能与心肌缺血或心肌梗死，微小血管病变，心肌氧供需失衡，室壁活动障碍和心肌大片变性纤维化有关。
(4)主动脉瓣：主动脉瓣收缩期扑动，在收缩期提前关闭，呈半闭锁状态，等容舒张期时间延长，部分患儿可有主动脉瓣反流。
(5)心功能改变：左心室射血分数下降;心室舒张功能障碍，可见心室舒张早期血流E峰加速时间延长，舒张早期E峰减低，E峰减速度DEF显著减低，舒张晚期A峰代偿性增高。
5.心导管：用超声心动图检查诊断HCM已可取代心导管检查。考虑手术治疗时应做心导管检查和心血管造影，测定血流动力学参数、压力阶差、心室肥厚部位及程度、心腔变形、流出道狭窄及瓣膜反流等情况。少数婴儿HCM需做心肌活检，以除外Pompe病(Ⅱ型糖原贮积病)，但后者骨骼肌活检可确定，而且安全。左室腔与左室流出道收缩期压差>2.67kPa(20mmHg)，左室舒张末压增高，左心室造影示心腔缩小变形，主动脉瓣下呈“S”形狭窄，心室壁增厚，室间隔不规则增厚突入心腔，左房也可同时显影，心尖部HCM左心室造影可显示“黑桃样”改变，右室肥厚型HCM需行右室造影。
6.胸部X线检查：X线检查无特异性，肺血正常或轻度肺淤血，心脏大小正常或轻度左室增大，婴儿患者多心脏扩大，并有肺纹理增多，肺淤血现象。
7.磁共振成像：能提供更详细的形态学资料，可检测整体收缩正常的HCM患者区域性的左室不同步运动，对于分析由左室充盈指标产生的模糊结果更有价值。
8.放射性核素检查：可见左室舒张功能指标包括左室舒张末容量，峰值射血率，峰值充盈率，高峰充盈时间及舒张末期前1/3的充盈分数等异常。
