1.金黄色葡萄球菌肠炎：大便镜检有大量脓细胞和成簇的革兰阳性球菌，培养有金葡菌生长，凝固酶试验阳性。
2.假膜性小肠结肠炎：大便做厌氧菌培养、组织培养法检测细胞毒素可协助确诊。
3.真菌性肠炎：镜检可见真菌芽生细胞和假菌丝。做大便真菌培养进行鉴别。
