天花并发症多发生于重型患者，一般为继发性细菌感染，常为金黄色葡萄球菌，溶血性链球菌及肺炎球菌等，可发生蜂窝织炎，软组织脓肿，结膜炎，角膜溃疡，全眼球炎，中耳炎，喉炎，支气管肺炎，胸膜炎等，个别可并发脑脊髓炎，肾炎，睾丸炎，流产，褥疮等。
典型天花患者往往留下终身存在的凹陷瘢痕，尤其以面部较明显，导致毁容，俗称“麻面”，往往对患者造成严重的心理打击，角膜溃疡，全眼球炎则可能导致患眼失明。
