慢性病人可出现贫血和营养不良，此外肠壁组织在急，慢性期受到不同的损害，可引起以下几种合并症。
1.肠穿孔造成腹膜炎：曾氏报告254例阿米巴痢疾病人，手术及尸解证明有肠穿孔者19例，为7.48%，Adams报道3013例中97例发生了腹膜炎(3.2%)，发生率虽不很高，但预后差。
2.阿米巴性阑尾炎：Clark报告186例阿米巴病人的尸解中，40%有阑尾炎，Criag报告60例中26.67%合并有阑尾炎，发生率确实比较高，故在阿米巴病高发地区，许多急腹症是由阿米巴性阑尾炎或阿米巴性阑尾穿孔造成。
3.肠狭窄：慢性阿米巴结肠炎病人，肠壁组织增生，肥厚以及阿米巴肉芽肿形成，导致狭窄，少数病人甚至形成肠梗阻而需手术治疗。
4.阿米巴瘤：Adams报告的3013例病人中，15例发生了阿米巴瘤(0.5%)。
5.非特异性溃疡性结肠炎：阿米巴原虫已被彻底消灭，转变成非特异性溃疡性结肠炎，Adams的统计中，有21例(0.7%)。
此外比较少见的还有肠道大出血，肠息肉及肠套叠等。
