本病常合并短暂性脑缺血发作，心力衰竭，动脉栓塞，心律失常，黏液瘤复发等并发症。
1.短暂性脑缺血发作：心脏黏液瘤瘤体疏松，脆弱，一旦瘤体组织或形成的栓子脱落后随血流进入脑血管可导致短暂性脑缺血发作，表现为突然发作的局灶性症状和体征，大多数持续数分钟至数小时，最多在24h内完全恢复，可反复发作，心脏瘤组织可阻塞心腔血流，引起不同程度的脑缺血症状如头晕，晕厥甚至癫痫发作。
2.心力衰竭：心脏黏液瘤最常见的并发症为心力衰竭，20%的左房黏液瘤，30%的右房黏液瘤或右室黏液瘤，50%的左室黏液瘤可出现心力衰竭，并引发晕厥或导致突然死亡。
3.动脉栓塞：心脏黏液瘤患者栓塞的发生率为9%～50%不等，但在多数病例组均为1/3，栓塞的共同原因是黏液瘤易碎，易脱落而且又位于心腔，栓塞是许多患者出现的第一个并发症，其后果是梗死，出血及血管瘤形成。
4.心律失常：心律失常的发生与心脏黏液瘤心腔的结构重构有关，心脏黏液瘤局部浸润，侵蚀心房，心室肌导致房，室性心律失常，侵蚀传导系统或相应的供血冠状动脉侧支而导致完全性房室传导阻滞和束支阻滞等传导障碍，而且黏液瘤所致的血流梗阻，大血管阻塞及心功能不全等原因所致心肌缺血，缺氧，心肌细胞的低钾，低镁等内环境紊乱等均可致心律失常的发生。
5.黏液瘤复发：手术后复发率约为4%～6%，左房黏液瘤复发率较低，即使复发也多在手术4年后复发，但对家族性黏液瘤及黏液瘤综合征的患者，因其复发的几率高需注意定期随访，以便早期发现。
