1.尽可能防止发生降低组织氧化-还原电势的情况。
2.防止体内正常厌氧菌群：或体外厌氧菌引入伤口，闭合空腔等，对外伤伤口应尽快彻底清创，去除异物和无效腔，重建良好的血供;腹部贯穿性外伤，尤其是累及结肠时，有预防应用抗生素的指征，慢性病灶如慢性中耳炎，鼻窦炎，乳突炎应予积极治疗，以预防颅内厌氧菌感染，体弱，神志不清或有吞咽困难者，进食时应注意防止吸入，有瓣膜病变的心脏病患者行牙科，口腔手术时应予预防性抗菌治疗，为预防产后败血症应注意胎膜早破，产程延长和产后出血的处理。
及时处理感染使之在扩散前被局限于特定的部位，可以预防严重的厌氧菌感染，仔细地清洁伤口，清除异物和早期开始抗生素治疗是有效的预防措施，在腹部外科手术前后及手术时静注抗生素被用于预防感染。
