原发性脑干损伤往往与脑挫裂伤或颅内出血同时发生，临床症状复杂。因此，除少数，于伤后立即出现脑干损伤症状又没有颅内压增高患者者外，其余大部分病人均需借助CT或MRI检查始能明确诊断轻症脑干损伤可按脑挫裂伤处理原则进行治疗，能使部分病人恢复。重症脑干损伤则疗效甚差，其死亡率几乎占颅脑损伤死亡率的三分之一，若脑桥、延髓平面受损，则救治希望很少。急性期主要是给予激素、脱水、降温、吸氧治疗，纠正呼吸和循环紊乱，尽可能的维持机体内、外环境的平衡。注意该类患者意识障碍时间长，需尽早行气管切开，对于血压不稳定的病例慎用脱水剂。恢复期应着重于脑干功能的改善，可用促醒药物，高压氧舱治疗，防治并发症。
