皮肤癣菌病传统上一直按解剖部位命名，如体股癣、手足癣等，这种分类法有利于按不同解剖部位的皮肤特点使用不同的药物，皮肤癣菌病有的也按病原菌命名，如黄癣，叠瓦癣，红色毛癣菌病等。
皮肤癣菌侵入头发引起头癣，多见于儿童，表现为环形脱发斑，上有鳞屑，水疱或脓疱，有时散在的脱发斑可能是惟一的症状，偶尔表现为大片隆起的化脓性损害称脓癣，头发感染后枯黄或折断，依毛发感染的位置不同可分为发内型感染和发外型感染，发内型感染在病发内形成孢子可充满发内或成链状排列，又称黑癣，若为黄癣，则在发内形成菌丝，羊毛状小孢子菌等在发外形成大量孢子，呈镶嵌状(mosaic)或链状排列，称发外型感染，又称白癣，发外型感染有时可在毛发内尤其是根部发现菌丝。
皮肤癣菌侵犯角质层引起体股癣和手足癣等，在皮屑中表现为分枝分隔的菌丝，可断裂成链状孢子，皮损一般呈圆形或多环形，单个散在或互相融合，组织反应可从红斑，鳞屑到结痂，化脓甚至肉芽肿，主观无感觉或有不同程度瘙痒。
真菌暗色柱顶孢(Scytalidium dimidiatum)及其变异色柱顶孢(S.hylinum)能引起人类掌跖和甲板感染，其临床表现和直接镜检与手足癣和甲癣不能鉴别，故取标本培养时，其中一管不应加放线菌酮以免抑制柱顶孢的生长，皮肤癣菌累及甲板称甲癣，通常表现为甲板增厚，变色及破损，甲周组织一般没有炎症也没有疼痛感。
皮肤癣菌在较少见的情况下会引起深部组织感染，表现为蜂窝织炎，毛囊炎，脓癣，皮下组织脓肿，淋巴结脓肿，Majocchii肉芽肿，足菌肿，疣状增生等，杨国亮曾报道铁锈色小孢子菌引起的深部感染2例，患者头发稀疏，全身见大片鳞屑性损害和皮肤肉芽肿样损害，后者以结节为主，分布广泛，有的穿孔化脓。
