临床表现主要是胃肠道(包括咽、食管、胃、胆道、小肠、大肠、肛门)的相关症状，因症状特征而有不同命名。常伴有失眠、焦虑、抑郁、头昏、头疼等其他功能性症状，且多伴有精神因素的背景需经检查排除器质性病因方可确诊。
便秘型功能性胃肠病主要表现为大便干燥，想便时，迟迟解不下，腹部肿胀疼痛、肠道痉挛。腹泻型功能性胃肠病表现为大便稀，一天排便三次以上，有时，自己控制不了。
