多数患者对烟曲菌过敏，也有的患者对念珠菌，花粉或某些药物过敏，约80%的患者烟曲菌皮试阳性，血清中可检出升高的IgE及IgG沉淀抗体，以烟曲菌提取物作支气管激发试验时可呈双相反应，故推测本病涉及Ⅰ型及Ⅲ型变态反应，也有人认为Ⅳ型变态反应亦参与其中。
支气管周围和肺泡间隔有浆细胞，单核细胞和大量嗜酸粒细胞浸润，细支气管粘液腺及杯状细胞增生，终末细支气管扩张并有痰液充于其内，有时可以找到真菌菌丝。
