脊椎骨嗜酸性肉芽肿主要病变为广泛性的网状组织细胞的增生，伴多少不等的嗜酸性粒细胞，还可有各种炎性细胞，及多核巨细胞，有些组织细胞可转变为泡沫细胞及含铁血黄素或细胞残余的吞噬细胞，小血管可有纤维素样坏死，晚期可纤维化，组织细胞核大，呈卵圆形，齿轮形或肾形，常聚集成堆或呈条状。
黄色瘤病的主要病变为组织细胞增生，可见网织细胞，泡沫细胞及Touton型巨细胞，泡沫细胞也称黄色细胞，有针状胆固醇结晶，嗜酸性粒细胞不明显，有的部位有肉芽组织，分化差，可有少数核分裂，组织细胞以后被成纤维细胞代替，形成结缔组织，有的介于泡沫细胞之间，代替肉芽组织。
在同一患者，同一处病变在不同时期，病理可以不同，如开始时为以嗜酸性粒细胞为主的组织细胞肉芽肿，但几年后可转变为以泡沫细胞为主的含脂质肉芽肿，因此不能单纯根据泡沫细胞之有无来确诊黄色瘤病，即使在婴儿网织细胞增殖症，偶而也能见到泡沫细胞，只是因为病变发展较快来不及形成，所以显得稀少。
肺内开始为间质性肉芽肿，随后组织细胞侵入小动脉和细支气管远端，发生阻塞性肺气肿，形成囊肿和大泡以致破裂，肺间质性肉芽肿内有许多嗜酸性粒细胞，中性粒细胞及淋巴细胞浸润。
