肛管外括约肌浅部在肛门后方形成肛尾韧带，较坚硬，伸缩性差;肛提肌大部分附着于肛管两侧，因此肛管前部和后部不如两侧坚强，容易损伤;肛管和直肠形成肛管直肠角，使肛管后部承受粪便压力大等都是造成肛裂的因素。
慢性便秘患者，由于大便干硬，排粪时用力过猛，易损伤肛管皮肤，反复损伤使裂伤深及全层皮肤，形成慢性感染性溃疡，有人报道，便秘致肛裂占14%～24%，但是便秘也可能是肛裂的后果，是由于病人惧怕排便所致，此外，产伤也可致肛裂，约占3%～9%，腹泻时频繁排便，肛管敏感紧缩也易损伤，反复损伤形成慢性感染性溃疡。
齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为慢性溃疡;肛管损伤后亦难愈合的原因至今不明，有人认为主要是损伤合并感染所致，感染时炎性细胞可以释放溶胶原酶，阻止上皮组织再生与延伸。
近期有人提出肛管后正中线缺血是肛裂好发于该处的原因，因为肛管远端是由直肠下动脉供应，该血管穿越坐骨直肠窝，分出小支经肛管括约肌至黏膜，但多数后联合处缺乏直肠下动脉分支(占85%)，从毛细血管形态学研究也提示后正中线处内括约肌内部的毛细血管较稀疏，有人应用激光多普勒血流仪测得肛管后联合处的血流较其他象限处为少，以上都说明缺血确是慢性肛裂发病的主要因素。
急性肛裂发病时期较短，色红，底浅，裂口新鲜，整齐，无瘢痕形成，慢性肛裂病程较长，反复发作，底深不整齐，上端常有肥大乳头，下端常有前哨痔，一般称为肛裂“三联征”，前哨痔是因淋巴瘀积于皮下所致，似外痔，由于在检查时因先看到此痔而后看到裂口，对诊断有帮助，故称为前哨痔或裂痔，在晚期还可并发肛周脓肿及皮下肛瘘。
肛裂的确切病因尚不明了，下列因素与肛裂的发生有关：
1.肛管狭窄 先天畸形，外伤或手术所致的肛管狭窄，在干结粪便通过时更易受损而发生肛裂。
2.内括约肌紧张 肛裂患者有不正常的内括约肌过度收缩现象，反射性内括约肌痉挛目前认为是肛裂不易愈合的重要原因，肛裂患者肛管内压力明显高于正常人，达127.5±42.2kPa(956±316mmHg)，而正常人仅为86.3±33.3kPa(647±250mmHg)，这种高压在经扩肛治疗后可恢复到接近正常。
发病机制
1.好发部位 肛裂常是一个裂口，绝大多数发生在肛管后中线上，国外报道355例肛裂中，89%位于后正中处，7%位于前正中处，位于两侧及前后处者各占2%，前正中处以女性多见。
2.病理 急性肛裂发病时间较短，色红，底浅，裂口新鲜，整齐，无瘢痕形成，慢性肛裂病程较长，反复发作，底深不整齐，上端常有肥大乳头，下端常有前哨痔，一般称为肛裂“三联征”(图1)，前哨痔是因淋巴淤积于皮下所致，似外痔，由于在检查时因先看到此痔而后看到裂口，对诊断有帮助，故称为前哨痔或裂痔，在晚期还可并发肛周脓肿及皮下肛瘘。
3.分类 本病的分类国内外尚未统一，临床常用的有2期分类法和3期分类法。
(1)2期分类法：
①早期肛裂 (急性期)：裂口新鲜，未形成慢性溃疡，疼痛较轻;
②陈旧性肛裂(慢性期)：裂口已形成慢性溃疡，同时有肛乳头肥大，皮垂等，疼痛严重。
(2)3期分类：
①Ⅰ期肛裂：病程短，溃疡底部清洁，质软，无并发症;
②Ⅱ期肛裂：溃疡底部呈灰白色，边缘增厚不整齐，质硬或潜行性，肛管弹性减弱，有并发症;
③Ⅲ期肛裂：溃疡如2期肛裂，肛管纤维化，狭窄，有并发症直接影响溃疡严重程度。
