单纯疱疹病毒(HSV)Ⅱ型可能是阴茎癌和宫颈癌的致癌质，有关资料表明，阴茎癌的性伴侣中，宫颈癌的发病率高于正常组3～8倍，人乳头状病毒(herpes simplex Virus，HPV)为双丝DNA病毒可感染各器官上皮，特殊类型的HPV可伴有男，女肛门生殖器疣和癌，阴茎癌中，HPV16占0%～49%，HPV18占9%～39%，HPV6和HPV11不常见，巴西一组18例阴茎癌有7例存在HPV18 DNA序列。
口服光敏剂8-methoxypsoralen(氧化补骨脂素)和紫外线照射，可以增加阴茎癌的发病率，阴茎创伤或包皮环切术后皮肤瘢痕形成，肾移植患者免疫抑制药的应用，可能与阴茎癌发生有关。
此外，许多癌前病变可恶化为阴茎癌，如阴茎白斑，干性阴茎头炎，阴茎皮角，病毒性皮肤病(尖锐湿疣，巨大尖锐湿疣)，而增生性红斑(或称凯腊增殖性红斑)，鲍文细胞丘疹为阴茎的原位癌病变。
阴茎癌主要经淋巴转移，可转移到腹股沟，髂血管旁及直肠周围淋巴结等处，因双侧淋巴结交错相通，亦可转移到对侧，一般较少侵犯到尿道，当肿瘤穿透白膜时可侵入海绵体而发生血行转移，但多数发生在淋巴转移之后。
本病准确分期和治疗方法的选择与预后有直接关系，其分期方法各不同，临床上常用的是Murrell和Williamas分期，Ⅰ期：肿瘤局限于阴茎，无明确的淋巴结转移;Ⅱ期：肿瘤局限于阴茎，有阳性淋巴结转移;Ⅲ期：肿瘤局限于阴茎，有不能切除的淋巴结转移;Ⅳ期：肿瘤播散侵犯到会阴及身体远处。
