新生儿泪囊炎是由于鼻泪管下端的胚胎残膜没有退化,阻塞鼻泪管下端,泪液和细菌潴留在泪囊内,引起继发性感染所致,有2%~4%足月产婴儿,可能有此种残膜阻塞,但绝大多数残膜可望在生后4~6个周内自行萎缩而恢复通畅。因骨性鼻泪管发育不良,狭窄所致者较为少见。
由于新生儿免疫系统尚未发育完全,免疫力差,对外界细菌病毒抵抗力低,因此容易感染细菌导致发生炎症。