(一)发病原因
隐孢子虫是一种专性细胞内生长的寄生原虫，属孢子虫纲，球虫亚纲，真球虫目，艾美球虫亚目，隐孢子虫科，隐孢子虫属，虫体呈球形，直径为2～4μm，其生活史与孢子虫纲的其他原虫相似，包括无性的裂殖生殖，有性生殖及孢子生殖，三者均在同一宿主体内进行，其卵囊呈卵圆形，直径为2～6μm，卵囊壁光滑，成熟的卵囊内有4个新月形子孢子，当其被人或动物吞食后在小肠内脱囊，子孢子从卵囊壁的裂隙中逸出，附着于小肠上皮细胞的微绒毛刷沿，并被封入纳虫空泡内发育为滋养体进行裂殖生殖，先发育为含8个小核的滋养体，然后进一步发育为有8个裂殖子的Ⅰ型裂殖体，裂殖体成熟破裂后，裂殖子再次侵入其他小肠上皮细胞，继续进行Ⅰ型裂殖生殖或者发育为仅含4个裂殖子的Ⅱ型裂殖体，由成熟的Ⅱ型裂殖体释放出的裂殖子则分别发育分化成雌(大)，雄(小)配子体，然后分别产生出雌，雄性配子，最后雌雄性配子结合为合子并发育成卵囊。
卵囊有薄壁与厚壁两种，前者约占20%，对外界环境的抵抗力较弱，其子孢子逸出后直接侵入新的宿主细胞继续进行裂殖生殖，造成宿主体内的重复感染，厚壁卵囊在宿主体内孢子化，囊壁为双层，对外界环境抵抗力强，经粪便排出体外即具有感染性，10%甲醛溶液或5%氨水可使之灭活，经65℃ 30min，也可使卵囊的感染力丧失。
目前认为已发现的隐孢子虫至少有6种，人和哺乳动物的隐孢子虫感染几乎都是由微小隐孢子虫所引起，但国内左仰贤等报道，他们曾从一头33天龄的小牛粪便中同时发现微小隐孢子虫及鼠隐孢子虫卵囊。
(二)发病机制
本病确切的发病机制尚不十分清楚，多数人认为可能是由于肠黏膜上皮细胞广泛受损及绒毛萎缩而导致吸收不良的结果，有人推测微小隐孢子虫可能产生肠毒素，他们发现感染微小隐孢子虫的牛犊粪便上清液中具有肠毒素样活性，病程中大量水与电解质的丢失是小肠黏膜受损和肠功能失调所致，此外肠道内双糖酶和其他黏膜酶的丢失与减少，也是引起腹泻的原因之一，有人发现来源于感染微小隐孢子虫的肠上皮细胞的前列腺素E2具有刺激Cl-主动分泌和抑制中性NaCl吸收的作用。
隐孢子虫在人体和动物体内所引起的病理变化基本相似，病变主要见于小肠和结肠，胃与食管也可被累及，小肠病变部位的绒毛萎缩变短甚至消失，隐窝上皮细胞增生同时隐窝明显加深，黏膜表面的上皮细胞呈短柱状，胞核排列不规则，绒毛上皮层及固有层均可见单核细胞及多核炎性细胞浸润，结肠黏膜的病理变化与小肠相仿，在患者痊愈后，上述病变可以恢复正常，感染延及胆囊时，可引起急性和坏死性胆囊炎，胆囊壁增厚变硬，黏膜面变平并可出现溃疡，镜下可见胆囊壁坏死并伴有多核细胞浸润，在肺部隐孢子虫感染患者的肺组织活检标本中可见到活动性支气管炎及局灶性间质性肺炎等病变。
