健康的甲不易受感染，甲感染真菌的趋向可能与遗传，糖尿并局部动静脉循环和淋巴回流障碍，周围神经性疾病等因素有关，在潮湿环境作业及经常受外伤的指趾甲容易被真菌感染，趾甲真菌病大多由足癣直接传播，指甲真菌病则可能从手癣传播或由经常抓足而感染，甲真菌病在足趾比手指更多见，甲真菌病的病原菌包括皮肤癣菌，酵母菌和霉菌，皮肤癣菌最常见为红色毛癣菌，须癣毛癣菌和絮状表皮癣菌，同一甲可感染两种癣菌，两种皮肤癣菌加一种酵母菌(包括马拉色菌)或皮肤癣菌加酵母菌和霉菌等。
甲癣常由红色毛癣菌，石膏样毛癣菌，絮状表皮毛癣菌等引起，其他如许兰氏毛癣菌，紫色毛癣菌，断发毛癣菌，玫瑰色毛癣菌，同心性毛癣菌都可引起甲癣，真菌性白甲常由石膏样毛癣菌引起，偶尔也可以由头孢子菌，镰刀菌及土色曲霉等引起。
甲真菌病多由其他丝状真菌，酵母样菌及酵母菌等引起，大多见于营养不良的指（趾）甲，现已肯定白念珠菌及短帚霉菌可致甲真菌病，近年来，发现拟平滑念珠菌等也常可致甲真菌病。
