(一)发病原因
本病的病因还不清楚，可能与睡眠障碍，神经递质分泌异常及免疫紊乱有关。
(二)发病机制
本病的发病机制尚不清楚，文献报道与睡眠障碍，神经递质分泌异常及免疫紊乱有关。
1.睡眠障碍 睡眠障碍累及60%～90%的病人，表现为睡眠易醒，多梦，晨起精神不振，疲乏，有全身疼痛和晨僵感，夜间脑电图记录发现有α波介入到Ⅳ期δ睡眠波中，用铃声干扰志愿者非快动眼睡眠(non-rapid eye movement)亦可诱导出上述脑电图图形及临床症状，其他影响睡眠的因素如精神紧张，环境噪音等均可加重纤维肌痛综合征症状，因此推测，这种Ⅳ期睡眠异常在纤维肌痛综合征的发病中起重要作用。
2.神经递质分泌异常 文献报道血清素(serotonin，5-HT)和P物质(substance P)等神经递质在本病的发病中起重要作用。
3.免疫紊乱 一些作者报道在纤维肌痛综合征病人的真皮-表皮交界处有免疫反应物沉积，用电子显微镜观察发现纤维肌痛综合征病人肌肉毛细血管内皮细胞肿胀，提示有急性血管损伤，组织缺氧及通透性增强，病人常述的原因不明的体重增加，手弥漫性肿胀及夜尿增多可能与通透性增强有关。
4.感染 有人认为FS与感染有关，尤其是EB病毒，Burgdorferi螺旋体感染。
Fillingim指出：疼痛症状与儿童时代手淫恶习有关，John McBeth指出：心理疾病与疼痛综合征之间有关系，另有研究发现FS患者痛阈下降，提示FS是疼痛调节异常性疾病。
中医认为该病与风寒湿有关，人疲劳后受到风寒湿影响，如睡湿地或受风吹等，可引起肌肉缺血性痉挛，肌肉内产生大量的有害代谢物质，刺激神经感受器而引起疼痛。
