先天性畸形和炎症是常见的病因，如肛周，直肠周围脓肿，广泛的肛管直肠瘘，肉芽肿性结肠炎，溃疡性结肠炎，结核，血吸虫病肉芽肿，花柳性淋巴肉芽肿，放线菌病等，均可引起肛管直肠狭窄，损伤也是最常见的病因，特别是手术创伤，其他的病因有会阴意外伤，分娩伤，烧伤，具有腐蚀药物，栓剂的损伤，放射治疗和肿瘤。
