与其他肿瘤一样，病因不详，可能与饮食因素、环境因素、遗传因素以及幽门螺杆菌感染有关。
发病机制
1、大体分型
(1)进展期：胃肠道肿瘤分型一般沿用Borrman分型，其基本分类为蕈状，溃疡Ⅰ型，溃疡Ⅱ型与浸润型，我国作者据此对贲门癌分4型。
①隆起型：肿瘤为边缘较清晰的向腔内隆起的肿块，呈菜花，结节巨块或息肉状，可有浅溃疡。
②局限溃疡型：肿瘤为深溃疡，边缘组织如围堤状隆起，切面与正常组织境界清晰。
③浸润溃疡型：溃疡之边缘不清晰，切面与周围组织分界不清。
④浸润型：肿瘤在贲门壁内浸润生长，受累处均匀增厚，与周围组织无界限，周围黏膜常呈放射状收缩。
大体分型与组织学类型有关，1，2两型以高分化腺癌和黏液腺癌较多，浸润溃疡型以低分化腺癌及黏液腺癌的比例为多，浸润型则多数是低分化弥漫型腺癌或黏液腺癌，外科治疗预后以隆起型最好，局限溃疡型第二，浸润溃疡型较差，浸润型最差。
贲门腺癌的组织学类型主要有二类：腺癌与有明显黏液分泌的黏液腺癌，此二类又根据分化程度各自分为高分化，低分化和弥漫型三个亚型，分化程度之高低与手术预后关系密切，除了腺癌与黏液腺癌，贲门癌还有一些少见的组织学类型，如腺鳞癌，未分化癌，类癌(嗜银细胞癌)以及癌肉瘤等。
(2)早期：早期贲门癌大体形态与胃其他部位和食管的早期癌相似，可以简单分为三型。
①凹陷型：癌瘤部黏膜呈不规则的轻度凹陷，有少数为浅溃疡，与周围正常黏膜分界不明确，镜下分化常较差。
②隆起型：癌变部黏膜增厚粗糙，稍有隆起，部分表现为斑块，结节或息肉状，以高分化腺癌占多数。
③隐伏型：病变部黏膜颜色略深，质地略粗，此外大体无明显改变，经组织学检查始确诊，是3型中比较最早的形态。
2、贲门癌的扩散与转移规律
(1)直接浸润蔓延于食管下端胃的其他部分，裂孔部膈肌，肝左叶，肝胃韧带，胰尾，脾门，脾以及其他腹膜后结构。
(2)淋巴道转移：贲门壁内，尤其是黏膜下和浆膜下层有丰富的淋巴网与食管淋巴网交通，汇集而成壁外淋巴管，向上引流至纵隔，向下引流至腹腔丛，最后进入胸导管，有的作者提出贲门的3条淋巴引流系统为：
①升干：沿食管壁上行至纵隔。
②右干：从胃小弯沿胃左血管和贲门食管支到腹腔动脉旁。
③左干：向后壁沿大弯到胰上缘和腹膜后。
又可分大弯支，后胃支及膈支，各系统沿线皆有淋巴结，原第一站的是贲门旁(左，右)，下段食管旁及胃小弯淋巴结，第二站有胃左血管旁，脾血管旁及网膜淋巴结，远处者有腹腔动脉旁，腹主动脉旁，肝门区，纵隔及锁骨上淋巴结。
(3)血运转移：
①经过门静脉入肝，通过下腔静脉人体循环。
②经器官间静脉径路直接入体循环，前者是最常见转移通路。
(4)种植：癌细胞可脱落种植到腹膜网膜等处，可伴发血性腹水。
