(一)发病原因
肛门直肠畸形的发生是胚胎发育发生障碍的结果，引起肛门直肠发育障碍的原因尚不清楚，近年来许多学者认为与遗传因素有关，根据文献报道，肛门直肠畸形有家族发病史者在1%以下，佐伯守洋报道的350例肛门直肠畸形中，有3例家族同胞兄弟患同一疾病，Van Gelder报道在一个家族中，兄弟姐妹4人均患此病，第1子为肛门狭窄，第2子为直肠尿道瘘，两个女儿均为直肠阴道瘘，矢野博道等收集29篇文献中有34个家族发病，与遗传有关者19组，16组为常染色体隐性或显性遗传，3组为伴性隐性遗传，其中双胎和三胎者13组，占1/3，也有人认为肛门直肠畸形病儿的同胞中发生该畸形的可能性为25%。
古川敏记对猪的先天性肛门直肠畸形病因调查结果也证明其与遗传有关，在122头猪肛门直肠畸形中，因公猪发病的28头(23%);因母猪发病的6头(4.9%);因公猪，母猪双方发病者为28头(32%);原因不明的为60头(49.2%)，故因公猪，母猪及双亲而发病的共62头，占50.8%，该学者认为可能在肛门直肠畸形患猪体内有隐性的遗传因素，1992年有人对家族发病者的发病基因进行研究，发现肛门直肠畸形与位于第6号染色体短臂的HLA有关，认为该畸形的致病基因位于HLA基因附近，张志波研究发现，肛门直肠畸形病儿HoxA-13第二外显子保守区电泳带型异常，而HoxD-13第二外显子PCR-PstⅠ限制性内切酶完全未被酶切或酶切不完全，提示HoxA-13，HoxD-13基因异常可能是肛门直肠畸形的致病基因之一， 有人发现肛门直肠畸形出现在正常家鼠的SD基因突变型鼠，称此鼠为SD鼠，SD基因以半显性方式遗传，影响直肠，泌尿生殖系统，中轴骨骼系统的发育，后来，有人用杂合子SD鼠繁殖出肛门直肠畸形鼠仔，说明SD基因与肛门直肠畸形有密切关系。
肛门直肠畸形的发生和其他畸形的发生一样，可能与妊娠期，特别是妊娠早期(4～12周)受病毒感染，化学物质，环境及营养等因素的作用有关，胚胎期发生发育障碍的时间越早，所致畸形的位置越高，越复杂。
1974年Schwetz等人利用Spraque-Dawleg雌性大白鼠于妊娠期间(孕6～15天)吸入不同剂量的氯仿，观察鼠仔的致畸情况，结果吸入体积分数为100×10-6的氯仿7h，鼠仔除发生缺尾或短尾，皮下水肿，肋骨缺如及胸骨钙化延迟外，部分鼠仔产生肛门直肠畸形。
1990年Hirai等用乙烯硫脲使妊娠11天的Wistar大白鼠产生肛门直肠畸形胎仔，且畸形类型与人类极相似;我国冯畹兰，刘颖等也先后用该方法制成肛门直肠畸形的动物模型，说明致畸物质——乙烯硫脲是某些胚胎期动物发生肛门直肠畸形的直接原因。
桥本良造给妊娠雌性鼠腹腔内注射视黄酸(all-trans retinoic acid)也使鼠仔产生肛门直肠畸形，以高位畸形最多。
上述实验结果提示，应用致畸物质不但可产生肛门直肠畸形胚仔，畸形发生率高达30%～90%，也为制作其他各种畸形动物模型展示了良好前景。
