遗传流行病学资料发现SLE具有家族聚集倾向，同卵双生子SLE发病一致率达25%～70%，明显高于异卵双生子(2%～9%)，本病患者近亲发病率也高，国外报道12%SLE患儿近亲中患有同类疾病，其他自身免疫性疾病发病率也高于人群总发病率，但大量的遗传病学研究分析，证实SLE是多基因遗传，位于第6对染色体中的多个基因位点与发病有关，尤其是遗传性补体基因缺陷(C1r，C1s，C2及C4等早期补体成分缺陷)，人类白细胞抗原(HLA)基因(HLA-B8，BWl5，DR2，DR3)，T细胞表面抗原受体(TCR)基因，免疫球蛋白基因等经典免疫应答基因的多态性也与罹患SLE有关，其中日本人，中国人HLA-DR2位点频率增高，西欧血统白人HLA-DR2和(或)DR3位点频率增高，我国南方汉人SLE发病与DRBl*0301及DQBl*0608有关，美国黑人与DRB1*1503，DQAl*0102和DQBJ*0602有关，但其他人群研究未发现HLA-Ⅱ类基因与SLE发病有如此相关性，进一步研究发现。
某些HLA-Ⅱ类基因位点多态性与SLE患者产生自身抗体有关，尤其是不同HLA-DQ等位基因所共有的多态性序列可能导致某种自身抗体的产生，如含高水平dsDNA抗体患者中，96%具有HLA-A-DQBl*0201(与HL，A-DR3和DR7连锁)，DQBl*0602(与DR2和DRw6连锁)或DQBl*0302(与HLA-DR4单体型连锁)等位基因，另一些人发现抗心磷脂抗体阳性的SLE患者与HLA-DQBl*0301(DQW7)，*0302(DQW8)，*0303(DQW9)，*0602(DQW6)等位基因密切相关，因此，推测SLE患病基因位于MHC区域，与HI，A-Ⅰ类，Ⅱ类基因呈连锁不平衡性，正常情况下补体成分在免疫复合物的固定和有效清除中起着关键作用，这些成分因遗传基因缺陷而缺乏时，将导致免疫复合物在肾脏沉积而得病，但资料表明补体缺陷在SLE中并不多见，且补体缺陷者肾病变也常不严重，临床表现不典型，累及男孩多，因此它不代表多数SLE的发病特征，同时表明致SLE的遗传基因肯定具有多种复杂特征。
(1)紫外线：紫外线被认为是触发SLE的病因之一，实验发现紫外线(主要是紫外线290～320nm)可诱使皮肤角质细胞产生白细胞介素-1(IL-l)，IL-3，IL-6及肿瘤坏死因子(TNF);紫外线还可以减弱巨噬细胞对抗原的清除以及抑制T细胞活化;约有1/3的SLE患者对光过敏或紫外线照射后发病，资料表明紫外线可使细胞内DNA转化为胸腺嘧啶二聚体，使其抗原性增强，诱生抗DNA抗体。
(2)药物或化学物质：某些药物可促使SLE患者光过敏，如磺胺药，四环素;有些药物可诱发产生自身抗体如普鲁卡因胺，肼苯达嗪等。有些香料，染料，染发水，烟火熏烤食品，菌类也可诱发SLE，有人认为这药物或化学物质与细胞核蛋白结合后，发生抗原性变性，也是引发机体自身免疫损伤的重要原因。
(3)感染：感染诱发SLE也研究较多，近年资料发现人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者可发生SLE;感染单纯性疱疹病毒可引起患者血清Sm抗原浓度升高;SLE患者血清中常见多种病毒抗体滴度增加(如风疹，EB病毒，流感，麻疹等)，尤其是C型RNA病毒。
SLE患者多数为女性，且不论男女患者雌激素水平均增高，雄激素水平降低，推测高水平雌激素可直接作用B细胞，使其活化，导致分泌自身抗体的活化B细胞大量扩增，在实验动物中发现雌激素可使其病情加重，而雄激素可使病情减轻。
紫外线照射，药物，化学物质，病原感染等多种因素均可能破坏自身组织，暴露组织隐蔽抗原或使正常组织抗原结构改变，激发机体自身免疫损伤。
