(一)发病原因
1.CVID可能的分子遗传学机制 虽然大多数CVID患儿为散发病例，但也有部分病例有家族史，特别是与选择性IgA缺陷患者发生于同一家庭，推测CVID和选择性IgA缺陷病是由于某个或某几个基因突变或缺失所致，只是目前尚不能明确而已。
(1)第6对染色体：MHCⅢ补体基因C4A基因缺乏，并常有特殊的HLA或TNF-α基因多态性;MHCⅡ的DQ位点多态性与该病有关，可能是其候选基因组。
(2)第9对染色体：PAX5基因编码B细胞-特异性活化蛋白(BSAP)，影响免疫球蛋白的类别转换;该基因失活可致小鼠免疫球蛋白缺陷，尚无资料表明也引起人类疾病。
(3)第18对染色体缺失可发生CVID。
2.B细胞缺陷。
3.T细胞缺陷 许多CVID的发病与T细胞功能缺陷密切相关，包括T细胞对B细胞的辅助不足或对B细胞的直接抑制，25%～30%的病例CD8+T细胞增多或CD4+T细胞减少，CD4/CD8 T细胞比值下降，超过1/3的患者血清IL-4，IL-6，neopterin和可溶性CD8分子升高，IL-10水平可能下降，大约40%的患者T细胞表达CD40配体(CD40L，gp39)明显下调，可能与其发病机制有关。
(二)发病机制
1.发病机制 引起低Ig血症的机制尚不完全清楚，多数学者认为该病为一组病因不同的临床综合征，有以下几种可能：
(1)Th功能缺陷：多数CVID患者外周血B细胞数量和功能均无异常，但Th数量和功能低下，不能向B细胞提供辅助信息，以致B细胞终期分化受阻，这些患者的Th分泌的IL-2，IL-4，IL-6，IL-10，IFN-γ，B细胞生长因子(BCGF)和B细胞分化因子(BCDF)均明显不足，个别患者CD40L表达障碍。
(2)B细胞功能缺陷：B细胞数量下降，增殖反应低下，不能分化为产生Ig的浆细胞，少数病例可有浆细胞，但也缺乏合成分泌Ig的能力，T细胞数量和功能正常，B细胞存在的内在缺陷使其完全不能分泌免疫球蛋白或仅能分泌IgM，不能向IgG转换，导致B细胞功能障碍的确切机制尚不清楚。
(3)Ts功能亢进：少数患者的Ts功能亢进，抑制B细胞分化过程。
(4)抗B细胞自身抗体：极少数患者血清存在抗自身B细胞的抗体，可能是抑制B细胞分化功能的原因。
该病的遗传基础尚不清楚，大多数为散发病例，但家族成员中常有IgA和(或)IgG亚类缺陷病以及自身免疫性疾病患者，CVID患者常具有HLA-DR3，HLA-B8和complotype SCOI抗原，而家族成员则常具有HLA-DR1，HLA-Bω65，complotype SC2，HLA-DR7，HLA-Bω67，complotype SC61以及HLA-DR7，HLA-B44和complotype FC31半合子。
CVID患者的Ig的糖成分不能结合到Ig分子上，有的患者是T淋巴细胞抑制了Ig的合成，血清Ig缺陷的程度不如X-连锁低丙种球蛋白血症显著，血循环中B淋巴细胞数量正常或减低，周围淋巴组织可有滤泡结构破坏，网状细胞和皮质滤泡增生。
2.病理改变 CVID的病理改变可分为两种类型：
(1)淋巴组织增生型：多见于以T细胞缺陷为主者。
(2)淋巴组织发育不良：多见于以B细胞缺陷为主者。
在接受抗原刺激后，该两型均缺乏浆细胞增生，有人认为这两种类型也可能是同一疾病的不同阶段表现，消化道受累者的小肠绒毛萎缩和扁平。
