(一)发病原因
儿童学校恐怖症与下述因素有关：
1.重新回到学校难以适应： 孩子得了一场病，或者发生了一场意外事故，在家休养了几周，重新回到学校，对很多方面难以适应。
2.在学校受嘲笑，被轻视： 在家里，他处处都得到欢迎，什么都不缺，但在学校缺乏交际能力，导致受嘲笑，被轻视。
3.发生重大改变： 孩子的个人或者家庭生活发生重大改变，如：搬家转学，自己患严重疾病，或者父母，同胞患严重疾病或死亡。
4.家庭问题： 父母离异，经济问题，父母再婚或者新同胞的来临，导致家庭生活不稳定或气氛压抑。
5.在学校遇上麻烦事情： 孩子进入青春期后，如果出现拒绝上学的情况，可能是在学校遇上了严重的麻烦事情，经常地受到某些威胁或恐吓，在学校或者去上学的路上，受到其他同学的人身威胁，或者是面对学校一些活动，感到力不从心，要求过高，甚至觉得要求苛刻，尽管学校恐怖症与焦虑的关系比与恐惧的关系大一些，但是因受威胁而造成的恐惧可以加重焦虑。
(二)发病机制
学校恐怖症属特殊环境(学校)下的精神障碍，目前国外学者把学校恐怖症列为常见的一种情绪障碍，并认为发病年龄有3个高峰，且与发生原因密切相关：5～7岁为第一高峰，可能与分离性焦虑有关;11～12岁为第二高峰，可能与升中学，功课增多，压力加大或改换学校重新适应新环境和人际交往困难等因素有关;14岁为第三高峰，可能与少年特征性发育，自觉身材长高，手足长大，显得不灵活，情绪抑郁有关。
