病因不明，可能与下列因素有关：
1、遗传因素。基因连锁分析提示：在第15对染色体上存在有以常染色体显示方式遗传的基因位点;也有报道在第6位染色体上的基因位点。也有学者采用双耳分听技术、电生理方法皮层血流分析，透示器半边视野等方法研究脑功能侧化发现阅读困难儿童有脑结构侧化异常，可能为胎儿血内睾酮水平异常，导致发育异常所致。
2、器质性因素。有人认为是内耳前庭功能失调所致。父母和家庭的负性生活事件可以加重此类问题。
3、环境因素和营养因素。
4、其他因素。该类儿童文字系统处理的环节中，出现异常或缺陷；或者是识字模式异常或是语言通路异常。关于文字特点与阅读困难的关系，意见不一。
