高原地区动脉导管未闭及房间隔缺损发病率较高,先天性心脏病的发生可能与缺氧有关。有些先天性心脏病还有性别倾向性。
妊娠早期子宫内病毒感染,以风疹病毒感染后多见,常引起动脉导管未闭及肺动脉口狭窄,其次为柯萨奇病毒感染(Coxsakie )可引起心内膜弹力纤维增生症,此外羊膜病变,胎儿周围机械压迫,母体营养障碍,维生素缺乏及代谢病,母体用细胞毒类药物或较长时间放射线照射,均可能与本病发生有关。
5%先心病患者发生于同一家族,其病种相同或近似,可能由于基因异常或染色体畸变所致。