随着社会发展，医学的进步，免疫学的快速成长，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的发病率高，治疗困难，已引起重视。因此，慢性结肠炎在常规治疗是下难以治愈的。
感染，在结肠炎病因中是主要病因之一。虽然在粪便中未能检致病菌、病毒或真菌。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果，这说明抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌，可减低临床症状，一般认为都与感染有关。
过敏性病变，受个体差异影响。主要是肠道性过敏，也时有累及皮肤。过敏性反应，是受致敏物质刺激，自身免疫引起反应，释放出自卫物质而激发大量免疫细胞凝聚、均结集在消化道粘膜表面，从而引起粘膜表面水肿充血及渗液等炎症发生。过敏性反应是随着人类生活、饮食习惯的改变，个体的差异，是消化过敏的主要因素。
病变多由急性肠炎延治或误治诱致，胃肠粘膜充血、水肿、渗出、逐渐加重，其表面片状黄色渗出物，呈弥漫性形成，粘膜皱壁层糜烂面加深或出血量大；表层上皮细胞坏死脱落更加严重，因粘膜血管损伤严重伴出血，更明显可见血浆外渗，粘膜下层有出血，水肿甚至穿孔，或发现肠粘膜紊乱、肠痉挛、肠曲缩短，胃肠或肠曲之间瘘管、结肠袋形成加深或消失、充盈缺损等等，有时可伴发肠憩肉，或直肠恶变、结肠恶变病变。
根据临床腹泻量，次数增多，粪便稀薄，甚至水样便，伴有肠鸣，但无里急后重，营养障碍，结合有反复发作史或有慢性肠炎的病因存在，诊断一般不难。
(1)慢性肠道细菌感染性疾病：如慢性细菌性痢疾、溃疡型肠结核、沙门氏菌感染、肠道菌群失调。
(2)肠寄生虫病：如慢性阿米巴痢疾、慢性血吸虫病、肠鞭毛虫病、结肠小袋纤毛虫病、肠道蠕虫病等。
(3)非细菌性炎症：如克降氏病、慢性非特异性溃疡性肠炎、结肠憩室炎、结肠息肉并发结肠炎等。
(4)肠肿瘤：如结肠癌、直肠癌、小肠恶性淋巴瘤。
(5)胃原性慢性腹泻：如慢性萎缩性胃炎、胃癌晚期、胃空肠吻合术后。
(6)胰原性慢性腹泻：如慢性胰腺炎、胰腺癌晚期。
(7)肝、胆道疾病所致慢性腹泻。
(8)内分泌、代谢障碍疾病：甲状腺功能亢进，慢性肾上腺皮质功能减退症，垂体前叶功能减退症，糖尿病。
(9)尿毒症、糙皮病、放射性肠炎、硬皮病。
(10)痉挛性结肠(过敏性结肠炎)、神经精神性腹泻。
