分泌性中耳炎的发病基础是咽鼓管的功能障碍、中耳局部感染和变态反应。
儿童的高发病率与多种因素有关：
感染因素(40%)：
小儿的咽鼓管接近水平位，且管腔较短，内径较宽，故小儿的咽部感染易经此管传入鼓室;儿童腺样体肥大及与慢性鼻窦炎并存，可堵塞咽鼓管咽口引起咽鼓管功能障碍;儿童咽鼓管粘液纤毛清除系统不能有效排出中耳及管腔内的分泌物。
肿瘤(30%)：
成人分泌性中耳炎常常是鼻咽部各种良性或恶性占位病变(如鼻咽癌、鼻咽纤维瘤等)的伴随症状，与鼻腔和鼻窦疾病(鼻中隔偏曲、肥厚性鼻炎、鼻息肉等)也密切相关。此外，头颈部恶性肿瘤放疗后咽鼓管的放射性损伤引起的功能障碍也是原因之一。
其他因素(20%)：
呼吸道变应性疾病也是咽鼓管功能不良的常见原因。
