原发性膀胱输尿管反流临床最常见，多见于小儿，为膀胱黏膜下输尿管段的先天性异常，如先天性膀胱黏膜下输尿管过短，膀胱三角肌组织发育不良等，随着小儿成长，膀胱基部发育完善，反流多数会消失。目前普遍认为原发反流大多是由于膀胱黏膜下部分输尿管长度、直径、肌组织或神经支配的先天性缺陷，由于输尿管口异位造成黏膜下部分输尿管过短可能是非常重要的。当膀胱充盈时，黏膜下部分输尿管可能进一步缩短而出现反流，这与反流只发生在膀胱充盈时或排尿过程中的观察结果是一致的。
继发性膀胱输尿管反流可继发于多种原因所致的膀胱颈或尿道梗阻(膀胱高压)，神经性膀胱(膀胱肌无力)、膀胱结核及膀胱手术后(引起输尿管的损伤)等。常见继发本病的有以下情况，
(1)输尿管憩室：一些研究指出膀胱不稳定收缩和高压排尿以及输尿管局部先天性薄弱造成的输尿管憩室形成在VUR发生中具有重要作用。
(2)非神经性神经源性膀胱综合征(nonneurotic neurogenic bladder syndrome)：这是一种在临床和放射学上表现为膀胱括约肌不协调的精神和行为紊乱症状，和一种见于儿童的、无解剖和神经异常的膀胱功能性梗阻。这种综合征常表现为尿床、排尿不连续、排尿特征性姿势、反复下尿路感染和膀胱形态学改变，尿动力学检查显示膀胱反射亢进、逼尿肌与括约肌协同困难。这种病理机制与引起所谓“原发性”膀胱输尿管反流并使之持续存在有关。多数病例在神经系统发育成熟后，逼尿肌高活性状态随之消失。
(3)下尿路功能异常：有两种类型尿动力学特征相反的反流功能异常，无神经异常或肉眼解剖异常。第1种类型存在反流但膀胱具有有力的排尿收缩稳定性，反流常出现在单侧，少见反流性肾病或上尿路异常。第2种类型，常见排尿过程中膀胱收缩乏力和尿道关闭机制功能过强，反流常出现于双侧，反流性肾病或上尿路异常相当常见。
