根据当地流行情况，有无百日咳患者接触史，若患儿曾有发热，但热退后咳嗽症状反而加重，特别在晚间咳嗽剧烈，且无明显肺部阳性体征，应作为疑似诊断；若有 明显痉咳，外周血计数白细胞及淋巴细胞分类均明显增高，则根据这些特点可作出百日咳临床诊断，加之细菌培养阳性或血清学免疫学，PCR检查阳性可以确诊百日 咳。
鉴别诊断
1、急性支气管炎和肺炎：由乙型流感杆菌，腺病毒，呼吸道合胞病毒，副流感病毒等引起的支气管炎，咳嗽较剧烈，常有痉咳，但剧烈咳嗽在起病数日内即出现，痉咳后无鸡鸣样回声，夜间不一定加重，急性期全身感染中毒症状如喘咳，气促较重，肺部常有固定的干湿Up音，白细胞计数正常或偏高，经适当治疗后，症状在短期内减轻或消失。
2、支气管淋巴结结核：肿大的淋巴结压迫支气管，或侵蚀支气管壁，可引起痉挛性咳嗽，但无鸡鸣样回声。可根据结核病中毒症状，结核菌素试验，肺部X线改变等作出诊断。
3、气管支气管异物：可突然发生阵发性痉咳，有异物吸入史，白细胞不增高，X线可见节段性肺不张，作支气管镜检查可发现异物。
4、百日咳综合征：在普遍进行百日咳预防免疫的人群中，仍可有散发的“百日咳”病例出现，常分离出腺病毒，其他呼吸道病毒，肺炎支原体和副百日咳杆菌等，而无百日咳杆菌，其临床症状，肺部X线表现和血象所见，与典型百日咳有似之处，需靠病原学检查鉴别。据估计，约20%的病例系由上述病原所致，衣原体感染可有类似百日咳样咳嗽，但无鸡鸣样回声，副百日咳杆菌引起者症状轻，病程短。
