根据临床表现诊断不难，实验室检测手段同沙眼，新生儿包涵体性结膜炎上皮细胞的胞质内容易检出嗜碱性包涵体，血清学的检测对眼部感染的诊断无多大价值，但是检测IgM抗体水平对于诊断婴幼儿衣原体肺炎有很大帮助，新生儿包涵体性结膜炎需要和沙眼衣原体，淋球菌引起的感染鉴别。
鉴别诊断
1.慢性滤泡性结膜炎(chronic follicular conjunctivitis) 原因不明，常见于儿童及青少年，皆为双侧，下穹隆及下睑结膜见大小均匀，排列整齐的滤泡，无融合倾向，结膜充血并有分泌物，但不肥厚，数年后不留痕迹而自愈，无角膜血管翳，无分泌物和结膜充血等炎症症状者谓之结膜滤泡症(conjunctivial folliculosis)，一般不需治疗，只在有自觉症状时才按慢性结膜炎治疗。
2.春季结膜炎(vernal conjunctivitis) 本病睑结膜增生的乳头大而扁平，上穹隆部无病变，也无角膜血管翳，结膜分泌物涂片中可见大量嗜酸性细胞。
3.包涵体性结膜炎(inclusion conjunctivitis) 本病与沙眼的主要不同之处在于，滤泡以下穹隆部和下睑结膜显著，没有角膜血管翳，实验室可通过针对不同衣原体抗原的单克隆抗体进行免疫荧光检测来鉴别其抗原血清型，从而与之鉴别。
4.巨乳头性结膜炎(giant papillary conjunctivitis) 本病所致的结膜乳头可与沙眼性滤泡相混淆，但有明确的角膜接触镜配戴史。
5.沙眼：可发生任何年龄，上睑结膜及上穹隆部结膜有乳头增生，滤泡形成，形态不规则，大小不一，排列不整齐，血管模糊，愈后留瘢痕，有角膜血管翳，分泌物非脓性。
6.新生儿淋菌性结膜炎：一般出生后2～3天发病，有大量脓性分泌物，涂片检查可找到淋球菌。
