主要与流行性斑疹伤寒鉴别，其病原体为普氏立克次体，传染源为患者，以体虱为媒介，多发于冬春季，呈流行性。症状与地方斑疹伤寒相似，但病情较重，皮疹多，出血性多见，神经系统症状明显，普氏立克次体凝集反应阳性。
除此之外，还需与伤寒、流感、恙虫病、钩端螺旋体病等区别。
1.伤寒(typhoid fever)：是由伤寒杆菌引起的急性传染病，以持续菌血症，网状内皮系统受累，回肠远端微小脓肿及溃疡形成为基本病理特征。典型的临床表现包括持续高热、腹部不适、肝脾肿大、白细胞低下、部分病人有玫瑰疹和相对缓脉。但本病的临床表现主要系病原经血播散至全身器官，而并非肠道局部病变所引起。可依据流行病学资料，临床经过及免疫学检查结果做出临床诊断，但确诊伤寒则以检出致病菌为依据。
2.流行性感冒：简称流感，是流感病毒引起的急性呼吸道感染。流感可引起上呼吸道感染、肺炎及呼吸道外的各种病症。典型流感，急起高热，全身疼痛，显著乏力，呼吸道症状较轻。颜面潮红、眼结膜外眦充血、咽充血、软腭上有滤泡。本病系流感病毒引起，该病毒属正黏病毒科，直径80～120nm，球形或丝状。流感病毒可分为甲(A)、乙(B)、丙(C)三型，甲型病毒经常发生抗原变异，传染性大、传播迅速、易发生大范围流行。
3.恙虫病(tsutsugamushi disease)：又名丛林斑疹伤寒(scrub typhus)，是由恙虫病立克次体(rickettsia tsutsugamushi)引起的急性传染病。系一种自然疫源性疾病，啮齿类为主要传染源，恙螨幼虫为传播媒介。临床特征有高热、毒血症、皮疹、焦痂和淋巴结肿大等。
4.钩端螺旋体病(Leptospinosis)：是由各种不同型别的致病性钩端螺旋体(简称钩体)引起的急性传染病。是接触带菌的野生动物和家畜，钩体通过暴露部位的皮肤进入人体而获得感染的人畜共患病。鼠类和猪为主要的传染源。因个体免疫水平的差别以及受染菌株的不同，临床表现轻重不一。典型者起病急骤，早期有高热、倦怠无力、全身酸痛、结膜充血、腓肌压痛、表浅淋巴结肿大;中期可伴有肺弥漫性出血，明显的肝、肾、中枢神经系统损害，晚期多数病人恢复，少数病人可出现后发热、眼葡萄膜炎以及脑动脉闭塞性炎症等。肺弥漫性出血、肝、肾功能衰竭常为致死原因。
