诊断
可根据症状和特征性口腔损害作出诊断，最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不推荐常规采用，鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡)，复发性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部，而已一般无全身症状)，柯萨奇A组 10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结，治疗为对症处理。
疱疹性咽峡炎系好发于儿童的特殊发热性疾病，临床特征为骤起高热伴有咽喉痛，头痛，厌食，并常有颈，腹和四肢疼痛，在婴儿常发生呕吐和惊厥，起病2 日内口腔粘膜出现少数(很少多于12个)小的(直径1~2mm)灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前部，但也可位于软腭，扁桃体，悬雍垂，舌部等，在以后的24小时内水泡破溃变为浅溃疡，直径一般在5mm以下，1~5日内愈合，并发症少见，症状一般7日内消失，在感染后能产生持久的免疫，但A组中其他型病毒或其他肠道病毒也可能引起再次发病。
鉴别诊断
与一些口腔有水疱的病毒性疾病鉴别。
