诊断标准
根据病史和临床表现诊断一般不困难。
1.病史 生后或不久发现的瘘管或囊肿。
2.临床特征 瘘管或囊肿发生在下颌角下方或胸锁乳突肌前缘等鳃器行走区域，瘘孔有透明黏液外溢，瘘孔上能触到皮下纤维条索样物。
3.辅助检查 X线和B超检查示鳃器行走区域有囊肿和瘘管的特征性影像。
鉴别诊断
1.鳃裂囊肿需与下列疾病鉴别
(1)急性颌下淋巴结炎：是婴幼儿常见的疾病，与较小的鳃裂囊肿继发感染很相似，容易误诊，鳃裂囊肿继发感染前，有长期存在囊肿史可资鉴别，应用抗生素等控制感染后，淋巴结缩小，呈实质性，可以活动，鳃裂囊肿具囊性感，不能活动。
(2)颈部结核性淋巴结炎：淋巴结干酪性坏死液化后也呈囊性感，常与鳃裂囊肿混淆，结核性淋巴结炎病灶周围常有许多淋巴结发炎，互相粘连，肺部可能有结核病灶，结核菌纯蛋白衍化物(PPD)试验强阳性，可以排除鳃裂囊肿。
(3)淋巴管瘤：颈部细小淋巴管瘤类似鳃裂囊肿，但前者常位于颈后三角，呈囊性感，透光试验阳性，B超显示淋巴管瘤常为多房性而鳃裂囊肿为单房，壁光滑，囊穿刺抽液，淋巴管瘤为水样淋巴液，无胆固醇结晶等可以与鳃裂囊肿鉴别。
(4)甲状腺结节：有时鳃裂囊肿与甲状腺侧叶上极粘连或深入甲状腺内，核素扫描常为冷结节，甲状腺功能正常，故不易与甲状腺冷结节鉴别，应行囊肿穿刺抽液寻找有无胆固醇结晶和穿刺抽吸细胞病理学检查进行鉴别诊断。
(5)甲状舌管囊肿：少数偏离颈中线的甲状舌管囊肿很像鳃裂囊肿，前者随吞咽上下活动，囊肿索条与舌管粘连，囊内抽出液无胆固醇结晶等可资鉴别。
2.鳃瘘需与下列疾病鉴别
(1)甲状舌管瘘：少数偏离颈中线的甲状舌管瘘很像鳃瘘，但前者的瘘口索条与舌骨连接可资鉴别。
(2)颈部结核性瘘管：局部常有反复感染史，病灶周围有多发淋巴结肿大，且互相粘连，病灶破溃排出干酪样物质，肺部可能有结核病灶，PPD强阳性等，借此可以排除鳃瘘的诊断。
