根据病史，临床表现可做出疑似诊断，但分离出分枝杆菌病原体可以确定诊断，值得注意的是，各种感染性巩膜炎的诊断必须考虑包括非典型分枝杆菌，特别是巩膜炎继发于眼附属器感染，土壤或被污染的水(游泳池，养鱼池及其他水容器)损害引起的眼病，从感染性巩膜炎患者取下的巩膜或角巩膜活检组织的实验室检查必须包括抗酸染色及30℃ Löwenstein-Jensen培养，以确诊非典型分枝杆菌性巩膜炎。
