诊断
本病主要根据临床表现进行明确，如果阴经出现"肉芽肿"样改变，则需要警惕本病的可能性，可以取溃疡分泌物直接涂片或结核菌培养可找到结核杆菌，一旦明确有结核杆菌生长，则可确诊本病。也可以局部活检，病理检查可以见干酪样坏死的特征性病理改变则可确诊。
鉴别诊断
由于阴茎结核罕见，故易误诊，应与引起阴茎溃疡的其他疾病如软性下疳，硬性下疳和阴茎阿米巴病相鉴别，对有严重结核的患者，更应提高警惕，阴茎结核的结节与溃疡可能与阴茎癌混淆，确定诊断的方法依靠活检或直接涂片查找结核杆菌及结核菌培养。
1.软下疳 也表现为阴茎头部的浅表性溃疡，病人常有不洁性交史，且溃疡边缘不整齐，周围软，分泌物涂片可见革兰阴性棒状杆菌，而无抗酸杆菌。
2.阴茎梅毒(硬下疳) 也表现为在阴茎头和包皮处的浅表性溃疡，但溃疡的基底部肉芽组织呈紫红色，多有腹股沟淋巴结肿大，分泌物暗视野检查可发现梅毒螺旋体，同时有全身的梅毒改变。
3.阴茎癌 也可表现为阴茎头溃疡，通常可见有肿块，局部坏死，呈菜花样改变，溃疡位于肿块上，边缘不整齐，活组织检查可见癌细胞。
4.阴茎阿米巴病 也可表现为阴茎头溃疡，但溃疡的边缘不整齐，分泌物检查可发现阿米巴滋养体。
