基于对AIDS病人的误诊和误行手术将会给病人带来很大的危险，因此常常为明确诊断而延误治疗，诊断除根据临床症状与体征外，血细胞检查并不能给予有利的依据，B超检查和CT扫描常可给予帮助，恰当地使用腹腔镜，确诊率很高，但只有必须之时才用。
在诊断中最为重要的是要与AIDS病本身所致的机会致病菌胃肠道感染相区别，如巨细胞病毒性结肠炎，急性盲肠炎等。
