肠杆菌肺炎的临床表现不具特征性，与其他革兰阴性杆菌肺炎相似，仅凭临床表现难以确诊，高危人群在住院期间出现发热，支气管脓性分泌物增多，白细胞增多，肺部出现病灶或在原肺部病变的基础上出现新的浸润，均为诊断的依据，确诊和鉴别诊断有赖于细菌学检查。
应与革兰阴性杆菌肺炎如铜绿假单胞菌肺炎，克雷白杆菌肺炎，流感嗜血杆菌肺炎，变形杆菌肺炎相鉴别。
