根据病史，影像学特点，本病诊断一般不难，极少病人需要经痰液，BALF中获得结石或经纤维支气管镜肺活检来证实。
由于有些疾病X线上也出现类似的肺弥漫性小结节或粟粒状阴影，本病需与以下疾病进行鉴别诊断。
1、粟粒型肺结核 ：有结核中毒症状，如高热，乏力，食欲减退，消瘦，急性病容，X线胸片两肺在急性期呈现弥漫分布的大小，密度，分布三均匀的，边缘清楚的粟状阴影，其密度远比肺泡微石为低;亚急性和慢性血行播散型肺结核，两上中肺野大小不等，密度不均的病灶，与肺泡微结石分布迥然不同。
2、尘矽肺： 本病有硅尘吸入史，肺部X线结节大小不等，夹杂纤维网状阴影，病变分布与支气管走向一致，Ⅰ期矽肺，肺门淋巴结肿大;Ⅲ期矽肺，两肺上部常出现融合性的矽结节阴影。
3、特发性肺含铁血黄素沉着症： 本病多见于儿童，有反复咯血，气急，发热和缺氧发绀等症状，两肺可出现密度较淡的，大小不等的结节状阴影和片状浸润，咯血停止后，阴影可逐渐吸收，也可留下少量网状，纤维状阴影。
