诊断
主要根据临床表现，血象，放射学和内镜加病理检查结果进行诊断。
1.Talley标准
(1)存在胃肠道症状。
(2)活检病理显示从食管到结肠的胃肠道有1个或1个以上部位的嗜酸性粒细胞浸润，或有放射学结肠异常伴周围嗜酸性粒细胞增多。
(3)除外寄生虫感染和胃肠道以外嗜酸性粒细胞增多的疾病，如结缔组织病，嗜酸性粒细胞增多症，克罗恩病，淋巴瘤，原发性淀粉样变性Menetrieri病等。
2.Leinbach标准
(1)进食特殊食物后出现胃肠道症状和体征。
(2)外周血嗜酸性粒细胞增多。
(3)组织学证明胃肠道有嗜酸性粒细胞增多或浸润。
鉴别诊断
1.消化不良 嗜酸细胞性胃肠炎病人可有腹痛，恶心，呕吐，腹胀等消化不良症状，但常缺乏特异性，对于以消化不良为表现的病人要与消化性溃疡，反流性食管炎，胃癌，慢性胰炎等鉴别。
2.肠梗阻 肌层型常可发生肠梗阻，要注意除外胃肠肿瘤和肠道血管性疾病等。
3.腹水 多见于浆膜型嗜酸粒细胞性胃肠炎，腹水常规和生化检查，腹水CEA检测，腹水病理检查有助于疾病的诊断。
4.嗜酸性粒细胞增多症 是一种病因未明的全身性疾病，它也可累及胃肠道，60%累及肝脏，14%累及胃肠道，弥漫性嗜酸粒细胞性胃肠炎除胃肠道外，常有50%累及胃肠道外的器官。
5.肠道寄生虫感染 可引起各种非特异性消化道系统症状，同时出现外周血嗜酸性粒细胞增多，反复检查粪便虫卵可以鉴别。
6.变态反应性疾病 支气管哮喘，过敏性鼻炎，荨麻疹，除可有外周血嗜酸性粒细胞增高外，各有其临床表现。
7.嗜酸性肉芽肿 主要发生在胃，大小肠，呈局限性包块，外周血嗜酸性粒细胞一般不升高，病理学特点为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。
8.风湿性疾病 各种血管炎，如变态反应性肉芽肿病(Churg-Strauss综合征)和结节性多动脉炎，其他结缔组织病如硬皮病，皮肌炎和多发性肌炎可累及胃肠道，出现腹痛，消化不良等症状，可出现不同程度的外周血嗜酸性粒细胞增多，小肠黏膜活检有助于鉴别诊断。
