本病各期均宜注意与结核相鉴别，主要是靠培养及适当的血清学检查，原发性组织胞浆菌病的急性期应与其他真菌，病毒及细菌性，类脂质性肺部病变以及弥漫性间质性肺部纤维化相鉴别，急性播散性组织胞浆菌病有脾大，淋巴结病变，贫血及白细胞降低时，可如内脏利什曼病及淋巴瘤，应注意鉴别，还应与传染性单核细胞增多症，马尔内菲青霉病，布氏菌病，痢疾，戈谢病等相鉴别，当有皮肤及皮肤黏膜损害时，应与肿瘤，孢子丝菌病，梅毒，弓形虫病，细菌性蜂窝织炎，皮肤结核或其他系统性真菌感染等相鉴别。
