根据有较长时间接触棉花，亚麻，软大麻等植物性粉尘的职业史，临床上具有特征性的胸部发紧，干咳等典型症状，伴有急性或慢性肺通气功能损害，结合现场劳动卫生情况调查，排除其他原因引起的阻塞性呼吸系统疾病，可以作出诊断。
参考国外关于棉屑沉着病临床及肺功能分级诊断标准，我国正式颁布的棉屑沉着病诊断标准将棉屑沉着病分为二级：
棉屑沉着病一级：经常出现工休后工作第一天或工作周内几天均发生胸部紧束感或胸闷，干咳等特征性呼吸系统症状，班后FEV1与班前比较下降10%以上。
棉屑沉着病二级：在反复发作棉屑沉着病一级的基础上，出现呼吸系统症状持续加重，并伴有慢性肺通气功能损害，FVC或FEV1小于预计值的80%。
