诊断
PCP的确诊有赖于病原体的检出，目前应用最广泛的是经纤维支气管镜肺活检，经皮肺穿刺或开胸肺活检和支气管肺泡灌洗液检查，阳性率可达90%以上，依靠 气管吸取物或肺活检组织切片染色见肺泡内泡沫状嗜伊红物质的团块中富含原虫，利用乌洛托品硝酸银染色，可查见直径6～8μm的黑褐色圆形或椭圆形的囊体， 位于细胞外，囊虫染色法还有Toluidine blue，环六亚甲胺银，Grdm-Wright，Grimss和免疫荧光抗体染色等，还有人采用高张盐水雾化吸入诱导痰提高病原体检出率，近年来有人采 用ELISA法检测肺囊虫IgG抗体以及乳胶微粒凝集试验查囊虫抗原，或分子生物学技术如PCR作快速早期诊断。
鉴别诊断
本病需与细菌性肺炎，病毒性肺炎，真菌性肺炎，AIDS及淋巴细胞性间质性肺炎(LIP)相鉴别，其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿而更难鉴别，但LIP多呈慢性，以咳及肺部干啰音为主，有全身淋巴结增大及唾液腺增大，在肺活检病理以成熟淋巴细胞广泛肺间质浸润为特点。
