发病季节，流行病学和某些病状可提供诊断线索，如无菌性脑膜炎同时有皮肤斑丘疹可能是埃可病毒感染，同时有流行性肌痛可能是柯萨奇病毒B组感染，确定诊断要靠病毒学和血清学检查，脑脊液，胸腔积液，腹水，血中分离出病毒意义很大，大便或咽分泌物中分离出病毒须结合血清抗体滴度升高来诊断，病初和病后2～3周两次取血作血清抗体测定，若滴度有4倍以上增高有诊断意义。
腮腺炎病毒在无菌性脑膜炎病原中仅次于肠道病毒，占第2位，当无腮腺肿大时两者症状相似，临床上不能鉴别，一般来说，腮腺炎脑膜炎或脑炎冬春多见，有腮腺炎接触史，血淀粉酶增高，腮腺肿大是诊断流行性腮腺炎的有力证据，但腮腺炎病毒感染并不都出现腮腺肿大，而柯萨奇病毒和埃可病毒感染，乙型脑炎都有并发腮腺肿大的报道。
一般说来，乙型脑炎的症状比肠道病毒感染症状重，持续时间长，但这种区别是相对的，乙型脑炎有的症状很轻，而肠道病毒可能有严重的脑炎症状。
