诊断
根据流行病史、症状、体征及实验室检查结果，可初步作出诊断，病原学检查可确诊。
临床诊断病例：有不洁饮食或与菌痢患者接触史，出现腹泻、腹痛、里急后重、发热、脓血便等临床症状，粪便常规检查白细胞或脓细胞≥15/HPF(400倍)，并除外其他原因引起的腹泻。
确诊病例：临床诊断病例的粪便培养志贺菌属阳性。
鉴别诊断
急性菌痢应与下述疾患鉴别。
(一)阿米巴痢疾
起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感较轻，大便次数亦较少，腹痛多在右侧，典型者粪便呈果酱样，有腐臭。镜检仅见少许白细胞、红细胞凝集成团，常有夏科-雷登氏结晶体，可找到阿米巴滋养体。乙状结肠镜检查，见粘膜大多正常，有散在溃疡。细菌性痢疾易并发肝脓肿。
(二)流行性乙型脑炎
乙型脑炎流行季节与菌痢(重型或中毒型)相似，后者发病更急，进展迅猛、且易并发休克，可以温盐水灌肠并做镜检及细菌培养。
(三)其他肠道病原体感染：细菌性痢疾尚应与沙门氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大肠杆菌腹泻、空肠弯曲菌肠炎、病毒性肠炎等相鉴别。慢性菌痢应与慢性血吸虫病、直肠癌、非特异性溃疡性结肠炎等鉴别。
